회사를 매각하면 세금은 얼마나 나오나요?

"회사를 30억 원에 넘기기로 했는데, 세금 내고 나면 얼마가 남나요?"

매각 협상을 마친 대표님들이 가장 먼저 묻는 질문입니다. 특히 벤처기업 확인을 받은 회사라면 "벤처기업 주식은 양도세가 없다던데요"라는 이야기를 함께 하시는 경우가 많습니다. 결론부터 말씀드리면 그 비과세는 외부 투자자를 위한 제도이고, 회사를 일군 창업자가 파는 주식에는 일반 비상장 회사와 같은 세금이 붙습니다. 어떤 세금을, 얼마나, 언제 내는지 차례로 정리했습니다.

회사를 판다는 건 대개 주식을 판다는 뜻입니다

법인은 회사 자체가 하나의 사람처럼 재산을 가지므로, 회사를 넘기는 방법은 크게 주주가 주식을 파는 방법과 회사가 사업이나 자산을 파는 방법으로 나뉩니다. 누가 파느냐에 따라 세금이 달라집니다.

중소기업 M&A는 대부분 첫째 방법, 대표님 개인이 가진 주식을 인수자에게 넘기는 방식입니다. 이 글은 이 경우를 중심으로 설명합니다.

양도소득세는 이렇게 계산합니다

• 설립 때 자본금 1억 원을 냈다면 취득가액은 1억 원입니다. 회사가 그동안 번 이익은 취득가액에 더해지지 않으므로, 오래 키운 회사일수록 양도차익이 커집니다.
• 외부 인수자에게 정상적으로 파는 경우 계약 금액이 양도가액입니다. 가족이나 회사 임원 같은 특수관계인에게 시가보다 많이 낮은 값에 넘기면 비상장주식 평가액(시가)으로 다시 계산하고, 산 사람에게 증여세가 나올 수 있습니다.
• 취득가액과 비용은 증빙으로 인정받습니다. 자본금 납입 기록, 주식 매매 계약서와 이체 내역을 미리 챙겨 두세요.

세율: 회사를 파는 대표님은 대부분 대주주입니다

비상장주식은 직전 사업연도 말 기준으로 지분율 4% 이상이거나 보유 주식 가치가 10억 원 이상이면 대주주입니다. 최대주주 쪽이면 배우자·자녀 같은 가족 지분까지 합쳐 봅니다. 회사를 매각할 정도의 지분을 가진 대표님은 거의 언제나 대주주에 해당합니다.

• 대주주가 중소기업이 아닌 회사 주식을 1년 미만 가지고 팔면 30%입니다. 회사를 직접 세워 키운 경우에는 거의 해당하지 않습니다.
• 매각 때 함께 지분을 넘기는 직원이나 소액주주는 중소기업 주식이면 10%가 적용될 수 있습니다. 같은 회사 주식이라도 사람마다 세율이 다릅니다.
• 세율 구간과 기본공제는 1년 단위로 계산합니다. 같은 해에 판 주식은 모두 합쳐서 3억 원 구간을 나눕니다.

증권거래세 0.35%는 따로 냅니다

비상장주식을 넘기면 매각 대금(양도가액)의 0.35%를 증권거래세로 냅니다. 상장회사 주식을 증권시장 밖에서 경영권과 함께 넘길 때도 같은 세율입니다.

• 차익이 아니라 매각 대금에 붙으므로 손해를 보고 팔아도 냅니다.
• 증권사가 떼어 가는 상장주식과 달리, 비상장주식은 파는 사람이 직접 신고·납부합니다. 기한은 양도소득세 예정신고와 같습니다.
• 낸 증권거래세는 양도소득세를 계산할 때 필요경비로 빠집니다.

예시: 자본금 1억 원 회사를 30억 원에 팔면

대표님이 자본금 1억 원으로 세워 지분 100%를 가진 비상장 중소기업을, 다른 비용 없이 30억 원에 모두 넘긴 경우입니다.

이 회사가 벤처기업이어도 계산은 똑같습니다. 차익이 3억 원을 크게 넘으면 대부분 25% 구간에 걸리므로, 대략 차익의 27.5%에 매각 대금의 0.35%를 더한 금액을 세금으로 잡아 두시면 됩니다.

벤처기업이라도 창업자에게는 특례가 없습니다

벤처기업 주식에는 양도소득세를 매기지 않거나 낮춰 주는 특례가 여럿 있습니다. 그런데 모두 외부 투자자나 소액주주를 위한 제도라, 회사를 세우고 경영해 온 창업자와 최대주주가 회사를 팔 때는 해당하지 않습니다.

그래서 같은 매각 거래에서 초기 엔젤투자자나 VC는 비과세를 받고, 회사를 키운 창업자만 25% 세율로 세금을 내는 일이 흔합니다. 벤처기업 확인을 받았다는 이유만으로 세율이 낮아지지는 않습니다. 투자자 쪽 특례 요건은 주식 양도소득세 세율, 벤처기업 주식은 어떻게 다른가요?에 정리해 두었습니다.

매각 대금을 다시 벤처에 투자하면 세금을 미룰 수는 있습니다

창업자가 쓸 수 있는 제도는 재투자 과세이연 하나입니다. 세금을 깎아 주는 것이 아니라 나중으로 미뤄 주는 제도입니다.

• 대상 : 벤처기업(또는 벤처기업에서 벗어난 지 7년 이내인 기업)의 창업주나 발기인으로서 주주인 분
• 매각 : 본인 주식의 30% 이상을 특수관계인이 아닌 사람에게 넘길 것
• 재투자 : 매각 대금의 50% 이상을 양도소득세 예정신고 기간이 끝난 날부터 1년 안에 벤처기업이나 벤처투자조합 등에 신주·출자 방식으로 투자할 것 (다른 사람 지분을 사는 방식은 안 됨)
• 효과 : 재투자한 금액만큼의 양도차익에 대한 양도소득세를 재투자 주식을 팔 때까지 미룹니다. 재투자 주식은 3년 이상 가지고 있어야 하고, 예정신고 기간 안에 신청해야 합니다.
• 기한 : 2026년 12월 31일 이전 양도분까지입니다. 연장 법안이 발의되어 있지만 국회를 통과해야 2027년 이후 매각에도 쓸 수 있습니다.

부동산이 많은 회사는 세율이 다릅니다

회사 재산 대부분이 부동산이면 주식을 팔아도 사실상 부동산을 판 것으로 보아, 주식 세율 대신 6~45% 누진세율(종합소득세와 같은 기본세율)을 적용합니다.

• 자산총액 중 토지·건물 같은 부동산 비율이 50% 이상인 회사에서, 최대주주와 가족 등 지분 합계가 50%를 넘는 주주들이 회사 주식의 50% 이상을 외부에 넘기는 경우
• 골프장·스키장·휴양콘도미니엄 등을 운영하는 회사로 부동산 비율이 80% 이상이면 지분과 상관없이 1주만 팔아도 해당

이때는 예정신고 기한도 반기가 아니라 판 달의 말일부터 2개월로 짧아집니다. 공장이나 사옥을 가진 제조업체·임대업체는 매각 전에 부동산 비율부터 확인해 보셔야 합니다.

신고·납부는 언제 하나요?

• 판 날은 원칙적으로 잔금을 받은 날이고, 잔금 전에 주주명부 명의를 먼저 바꿨다면 그날입니다.
• 판 날이 속한 반기 말부터 2개월 안에 양도소득세 예정신고를 합니다. 1~6월에 팔았으면 8월 31일, 7~12월에 팔았으면 다음 해 2월 말까지입니다. 2026년 하반기 매각분은 2027년 2월 28일이 일요일이고 3월 1일이 공휴일이라 3월 2일까지입니다.
• 증권거래세와 지방소득세도 같은 기한에 신고·납부합니다.
• 차익이 없거나 손해를 봤어도 예정신고는 해야 합니다. 같은 해에 다른 주식도 팔았다면 다음 해 5월 확정신고로 합산합니다.
• 양도소득세가 1천만 원을 넘으면 일부를 기한 뒤 2개월 안에 나눠 낼 수 있습니다. 2천만 원 이하면 1천만 원을 넘는 금액, 2천만 원을 넘으면 절반까지입니다.
• 신고하지 않으면 무신고 가산세(세액의 20%)와 하루 0.022%의 납부지연 가산세가 붙습니다.

매각 계약 전에 확인할 것

• 취득가액 증빙 : 설립·증자 때 낸 돈, 다른 주주에게 산 주식의 계약서와 이체 내역
• 다른 사람 이름으로 올려 둔 주식 : 실제 주인이 누구인지에 따라 세금이 달라지므로 계약 전에 상담으로 정리 방향을 정하세요.
• 대금을 나눠 받는 계약 : 잔금일과 추가 대금 조건에 따라 판 날과 세금이 달라질 수 있어, 계약서 문구를 쓰기 전에 검토하는 것이 좋습니다.
• 인수자 쪽 세금 : 사는 쪽이 지분 50%를 넘게 가지면 회사가 가진 부동산·차량 등에 대해 과점주주 간주취득세를 냅니다. 인수자가 부담하는 세금이지만 협상 때 함께 나오는 이야기입니다.

정리하면

• 회사를 판다는 것은 대개 대표님이 주식을 넘기는 것이고, 양도소득세와 지방소득세, 증권거래세를 냅니다.
• 대주주 세율은 과세표준 3억 원까지 20%, 넘는 금액은 25%이고 지방소득세 10%가 더 붙습니다.
• 증권거래세는 매각 대금의 0.35%이고, 손해를 봐도 냅니다.
• 벤처기업이라도 창업자와 최대주주가 파는 주식에는 비과세나 낮은 세율이 없습니다. 매각 대금을 벤처에 다시 투자하면 세금을 미루는 특례만 2026년 말 양도분까지 있습니다.
• 부동산 비율이 50% 이상인 회사는 6~45% 세율이 적용될 수 있습니다.
• 신고·납부는 판 날이 속한 반기 말부터 2개월 안입니다.

매각 대금과 취득가액을 넣어 세금을 대략 계산하려면 주식 양도세 계산기를, 가족에게 넘기는 경우처럼 주식 가치를 따져야 할 때는 비상장주식 평가 계산기를 이용해 보세요.